Genetik Tanı Yöntemleri

Nörogelişimsel bozukluğu olan bir çocukta genetik tanı yolculuğu, klinik fenotipin dikkatli karakterizasyonu ile başlar ve uygun testin seçimiyle devam eder. Testin seçimi; klinik ön tanı olasılığı, aciliyet (özellikle tedavi edilebilir metabolik/genetik epilepsilerde), maliyet ve sonuç süresine göre belirlenir.

Kromozomal Mikrodizin Analizi (CMA)

Kromozomal mikrodizin analizi (Chromosomal Microarray, CMA), genom genelinde kopya sayısı varyasyonlarını (delesyon/duplikasyon) saptamaya yönelik ilk basamak testtir. Açıklanamayan gelişimsel gerilik, otizm spektrum bozukluğu veya çoklu konjenital anomalisi olan çocuklarda American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) tarafından ilk basamak test olarak önerilir.

• Tanı oranı: İzole gelişimsel gerilikte yaklaşık %15-20; eşlik eden dismorfik bulgu veya konjenital anomali varlığında bu oran artar.
• Saptayabildiği durumlar: Angelman sendromunun delesyon tipi, Phelan-McDermid sendromu (22q13.3 delesyonu), MECP2 duplikasyon sendromu, Williams, DiGeorge (22q11.2), Smith-Magenis, Wolf-Hirschhorn gibi mikrodelesyon/mikroduplikasyon sendromları.

• Yeni Nesil Dizileme: Gen Paneli, Ekzom ve Genom Dizileme
• Hedefe Yönelik Gen Panelleri

Epilepsi geni panelleri (genellikle 100-300 gen içerir) veya gelişimsel gecikme/otizm panelleri, klinik fenotip belirli bir gen grubuna işaret ettiğinde maliyet-etkin bir seçenektir. Örneğin erken başlangıçlı epileptik ensefalopati şüphesinde SCN1A, SCN2A, SCN8A, STXBP1, KCNQ2, CDKL5, GRIN1/2A/2B, SYNGAP1 gibi genleri içeren bir panel ilk basamakta tercih edilebilir.

Tüm Ekzom Dizileme (WES)

Panel testi negatif kalan veya fenotipin belirli bir gen grubuna işaret etmediği durumlarda tüm ekzom dizileme (Whole Exome Sequencing, WES) tercih edilir. Trio-WES (çocuk + her iki ebeveyn eş zamanlı dizileme) tanı oranını tek başına çocuk dizilemesine göre belirgin artırır, çünkü de novo varyantların doğrulanması ve varyant önceliklendirmesi doğrudan yapılabilir.

• Trio-WES tanı oranı: Şiddetli erken başlangıçlı nörogelişimsel bozukluklarda yaklaşık %30-40 civarındadır.

Tüm Genom Dizileme (WGS)

Tüm genom dizileme (Whole Genome Sequencing, WGS), ekzon dışı bölgeleri (intronik, düzenleyici bölgeler), kopya sayısı varyasyonlarını ve yapısal yeniden düzenlenmeleri tek bir testte değerlendirebilme avantajına sahiptir. WES negatif kalan olgularda ikinci basamak olarak giderek daha sık kullanılmaktadır; özellikle STXBP1, SCN1A gibi genlerde derin intronik varyantlar veya yapısal varyantlar WES ile kaçırılabilir.

Metilasyon Analizi ve Uniparental Dizomi (UPD) Testleri

Angelman ve Prader-Willi sendromları gibi genomik damgalama (imprinting) bölgelerini ilgilendiren hastalıklarda, standart dizileme yerine metilasyon-spesifik testler (MS-MLPA, metilasyon PCR) ilk basamak test olmalıdır; çünkü bu hastalıkların önemli bir kısmı delesyon veya UPD kaynaklıdır ve nokta mutasyon dizilemesiyle saptanamaz.

• Test Seçim Algoritması — Pratik Yaklaşım
• Klinik Senaryo
• Önerilen İlk Test
• İkinci Basamak
• İzole global gelişimsel gerilik/otizm, dismorfizm yok
• CMA + Fragile X (CGG tekrar analizi)
• Trio-WES
• Dismorfik bulgu + gelişimsel gerilik
• CMA
• Sendrom-spesifik panel veya trio-WES
• Erken başlangıçlı epileptik ensefalopati (<2 yaş)
• Epilepsi gen paneli (hızlı sonuç)
• Trio-WES/WGS panel negatifse
• Rett benzeri fenotip (kız, regresyon)
• MECP2 dizileme + CDKL5/FOXG1
• CMA (MECP2 duplikasyonu için erkek olguda)
• Angelman/Prader-Willi şüphesi
• Metilasyon analizi (15q11-q13)
• UBE3A dizileme (metilasyon normalse)
• Tuberoz skleroz şüphesi (deri bulgusu + nöbet)
• TSC1/TSC2 dizileme + delesyon/duplikasyon analizi

Klinik tanı kriterleri yeterliyse test beklenmeden izlem başlatılır

Bu tablodaki sendrom-spesifik yaklaşımların ayrıntıları için: Rett sendromu (Bölüm 5), Angelman sendromu (Bölüm 7) ve Tuberoz skleroz kompleksi (Bölüm 19) bölümlerine bakınız.

Sonuçların Yorumlanması: Varyant Sınıflandırması

ACMG/AMP kriterlerine göre saptanan varyantlar beş kategoride sınıflandırılır: patojenik, muhtemel patojenik, önemi belirsiz varyant (VUS), muhtemel benign ve benign. VUS sonucu aileye aktarılırken, bu sonucun "tanı değil" olduğu, ek segregasyon analizi (ebeveyn testi), fonksiyonel çalışmalar veya zaman içinde varyantın yeniden sınıflandırılmasıyla netleşebileceği açıkça belirtilmelidir.